Genetika, genomika ta beste

Arratoien erretrobirus endogenoak

Lehen autore moduan argitaratzen ditudan artikulu zientifikoen azalpena emateko dudan erantzukizun sozialari so eginez, gaurkoan orain dela pare bat bizitza egindako lan batekin nator. Virology aldizkarian argitaratu duten artikulu xumea
, baina nire haur guztiak bezala, polita.Sin título

Erretrobirus endogenoak jatorri birala duten osagai genomikoak dira. Erretrobirusek (GIBa kasu) bere burua kopiatzeko duten modua dela eta beraien material genetikoa ostalariaren material genetikoan txertatzen dute. Gerta liteke hori gertatzea hozi-lerroko zeluletan (obuluak eta espermatozoideak sortzen dituzten zelula-aitzindarietan) eta ostalariaren material genetikoan txertatuta gelditzea, beste edozein osagai genetiko bezala. Berez kaltegarriak diren birusak genometan harrapatuta gelditzea, paradoxa eder bat. Karraskarien kasuan saguan lan asko egin dira erretrobirus endogenoen inguruan, batetik animalia eredu bat delako, bestetik gainontzeko ugaztunekin alderatuta erretrobirus endogenoen kontu hau berezia delako saguetan. Ugaztunetan I motako (ez, ez zioten imajinazio asko bota taldeak izendatzerakoan) erretrobirus endogenoak dira nagusi, bai kopuruan, bai taldeen kopuruan (erretrobirus talde esaten zaio jatorrizko txertaketa batetik beranduago eratorri diren kopiak). Baina saguetan II klasekoak dira nagusi, oso nagusi, eta III klasekoen presentzia azpimarragarria da,  nahiko deigarria dena. Eta, hedaduraz, arratoietan hala zela uste zen. Baina horretan jarri garen arte ez da erretrobirusen bilaketa sakonik egin arratoiaren genoman.

Bilaketa hau egiteko aurretik erabiltzen genuen prozedura bioinformatikoan hobekuntza batzuk sartu nituen, erretrobirus endogenoen detekzioa sentikorragoa izateko. Azken finean osagai genetiko hauen gehiengoa desitxuratuta dago eboluzioaren poderioz: genoma-ostalarian birus funtzionalak izatea ez baita, hain zuzen ere, abantaila ebolutibo bat. Matematikei esker posible izan da, DNA sekuentziekin Markoven Eredu Ezkutuak erabili ahal izateak nahi ditudan sekuentziak bilatzea erraztu dit, kasu honetan hoberen kontserbatzen den erretrobirusen sekuentzia. Gero, sekuentzia horretan oinarrituta erretrobirus endogeno ezberdinen arteko harremanak ebatzi daitezke eta erretrobirusen historia ebolutiboaren zantzuak izan.

Lortu genituen emaitzak ustekabean harrapatu ninduen: bai, II klaseko asko daude, saguetan bezala, baina I klaseko hainbat ere; eta III klasekoen presentzia nahiko mugatua da. Hau da, sagua eta arratoia banatu zirenetik (orain dela 12-24 bat milioi urte) bakoitzak jasan dituen erretrobirusen inbasioak eta ondorengo erretrobirus endogenoen kopien emendatzea ezberdina izan da. Arratoiak I klasearekin lotutako erretrobirus gehiagoren kolonizazioa jasan du bere genoman eta III klasekoak ez dira saguan beste hedatu. Izan ere arratoian detektatzeko gai izan garen 28 taldetatik 16 arratoietan agertzen dira eta ez saguetan, hau da, erretrobirusen 12 kolonizazio aitzindari komunean gertatu ziren eta arratoiaren leinuan beste 16.

Kontu guzti hauek kuriositate moduan ondo daudela pentsa dezakezu baina ez dutela halako garrantzia handirik. Pentsa saguak eta arratoiak animalia eredu bezala erabiltzen direla eta erretrobirus endogenoek erantzun immunean uste genuen baino eragin handiagoa izan dezaketela. Hortaz, nahiko garrantzitsua iruditzen zait azaltzea arratoien eta saguen genomek modu ezberdinean aurre egin diotela erretrobirusei eta, baita ere, espezie bakoitzak aitzinean infektatu dituen erretrobirus motak ezberdinak izan direla. Horrek beren genomak moldatu ditu ere eta agian eredu moduan erabiltzen direnean erantzun ezberdinak eman lezakete.

Egia esan ez dakit zein puntura arte eragina izan dezakeen lan honetan aurkitutakoak, baina erretrobirus endogenoen mundutxoan nahiko deigarriak dira emaitzok. Hemendik aurrera gerta daitezkeenak beste batzuen esku gelditzen da.

Utzi erantzuna