Genetika, genomika ta beste - Kafepintxo

Larrialdirako genetika (107): Genetikaren etorkizuna (6)

Nature Reviews Genetics aldizkariak, 20 urte bete dituela erabilita, 12 ikertzaileri genetikaren eta genomikaren etorkizunaz aritzeko eskatu die, jakintza-arlo horiek dituzten aukeren eta errenkoei buruz, hain zuzen ere. Blog honetan genetikak eta genomikak ematen duten azaltzen saiatzen naizenez, interesgarria iruditu zait iritzi horiek hona ekartzea. Horrela, etorkizunean jorratuko ditugun gaiak gaurdanik zeintzuk izan daitezkeen jakin dezakegu.

Eileen Furlongen (Europako Biologia Molekulareko Laborategiko Genomaren Biologiako buruaren) ustetan gene-areagotzaileen ikerketa eta enbriogenesiaren ikerketa dira erronkarik handiena.

Furlongek gogoratzen digu azken urteetan aurrerakuntza ikaragarriak egon direla genomen erregulazioak animalien garapenean duen eraginean. Garapenaren biologiak ikertzen ditu ehunen eta organoen garapena eta nola konplexutasuna agertzen den zelulen komunikazioaren, mugimenduaren eta indar mekanikoaren ondorioz. Gainera, zelulak berprogramatzeko gaitasunari esker, azken urteetan esperimentu ugari egin dira garapena hobeto ulertzeko, laborategietan sistema sinpleak sortzeko edota zelulen plastikotasuna ikertzeko. Hurrengo belaunaldiko sekuentziazio-teknikek garapenean gertatzen diren aldaketa molekularrak sakonago ikertzea ahalbidetu dute. Horrela, genomen erregulazioa sakonago ulertu da neur daitezkelako aktibo dauden geneen dibertsitatea, transkripzio-faktoreen eragina (geneen aktibitatea erregulatzen duten proteinak), DNA eskuragarri dagoen eta bere egitura (DNA fisikoki nola egituratzen den arabera geneak aktibo edo ez-aktibo egon daitezke) edota DNA eta RNA mailan gertatzen diren aldaketak (beren aktibitatea kontrolatzen dutenak). Furlongen ustetan etorkizuneko erronka izango da informazio hori lotzea zelulen ezaugarri fisikoekin eta ehunen sorkuntzarekin. Horretan lagungarri izan daitezke teknologia berriak: genomak editatzea, proteinen funtzioa eragoztea, irudien bidezko teknika berriak, material gutxirekin lan egiteko teknikak eta, batez ere, zelula bakarreko genomika.

Furlongen aburuz ebatzi gabeko misterio bat da transkripzio faktoreek nola helarazten dioten gene-informazioa bere ituei, hori baita zelulak bere identitatea ezartzeko erabiltzen den mekanismorik garrantzitsuena. Orain arte pentsatzen zen transkripzio faktoreak gene-areagotzaile espezifikora lotzen zirela eta horrela genearen funtzionamenduan eragin. Baina ikuspegi hori zaharkitua gelditu da eta ikusi da transkripzio faktoreek modu ezberdinean gene baten funtzioan eragin dezakela, bi generen funtzioan eragin dezakela eta geneetan nola eragiten duten ikertzeko gero eta garrantzitsuagoa da jakitea zein den genomaren antolaketa espaziala. Antolaketa espazial horren baitan, eremu berdinean dauden areagotzaile ta geneen arteko elkarrekintzak probableagoak badira ere oraindik ez da ezagutzen bata bestea nola antzematen diren, guztiz beharrezkoa den fisikoki elkartzea edota transkripzio faktoreen arteko ezberdintasunak zeintzuk diren. Adibidez, transkripzio faktoreak lotzeko sekuentzia batean mutazio bat badago, kasu batzuetan eragin nabarmenak ditu horrek eta beste kasu batzuetan ez. Agian gene-erregulazioaren arauak genoman zehar ezberdinak dira.

Furlongek gaineratzen du elkarrekintzak detektatzeaz gain, elkarrekintza horiek laborategian frogatu behar direla. CRISPR teknikari esker zelula-kultiboetan ikerketa hori egin badaiteke ere, oraindik enbrioi mailan zailtasunak daude, eredu diren organismoetan barne. Ikerketa horiek ahalbidetuko duten teknikak garatzea garrantzitsua izango da erregulazioa eta garapena kontrolatzen duten mekanismoak ulertzeko eta gene-aldaerek horietan duten eragina aztertzeko. Bere ustez, zelula-bakarreko genomika, irudien erabilpena eta bien integrazioa enbrioien garapena aztertzeko dira etorkizun oparoko teknikak. Biak erabilita enbrioien garapenean gertatzen den pausu bakoitzaren azpian dauden mekanismoak ebatzi daitezke. Horiei esker zer gertatuko den aurreikus dezaketen ereduak gara daitezke, bai behintzat eredu sinpleetan. 

Itxialdirako genetika sorta
Lehenengo txandaren hasiera
1) Birusak
2) Immunitate-sistema
3) Antigorputzak
4) SARS-CoV-2aren jatorria
5) Termozikladorea
6) Gene-marketina
7) Zoroa eta patxadaz, mesedez 
8) ACE2 hartzailea
9) SARS-CoV-2aren geneak
10) 150 gene-testu
11) Etxeko gene-lanak
12) RNA
13) Endorfinen genetika
14) SARS-CoV-2aren jatorria (II)
15) Birusei aurre egiten
16) Tuskegee deitutako amesgaiztoa
17) Urtaroko gripearen genetika
18) Eugenesia eta Darwinismo soziala 2.0
19) Laborategietako langileei, eskerrak
20) Ez da guda bat, auzolana da
21) COVID-19ari gene-sentikortasuna
22) Gripe-pandemien genetika
23) Genetika zientzia-fikzioko filmetan
24) Beldurraren genetika
25) Parte-hartzearen garrantzia
26) Erratuta nengoen eta erratuko naiz
27) (gene-)datuen gobernantza
28) Genomak berdefinitzen
29) Minbizien gene-bilduma erraldoia
30) Gaixotasunak sailkatzen
31) Pangolinak
32) Saguzarrak
33) Zitokinen ekaitza
34) Gainontzeko epidemiak (I) – GIB
35) Gainontzeko epidemiak (II) – Ebola
36) Gainontzeko epidemiak (III) – Kolera
37) Gainontzeko epidemiak (IV) – Herpesbirusak eta H. pylori
38) Gainontzeko epidemiak (V) – Patogenoak ez direnak
39) Gainontzeko epidemiak (VI) – Etortzear dauden epidemiak aurreikusten
40) Bizi-urteak kentzen dituzten mutazioak 
41) Birus erraldoiak
42) Jirafen lepoa
43) Hesteak minberak direnean
44) Eboluzioa bueltan da
45) Zama diren onurak
46) COVID-19a eta tripak
47) Gene-dibertsitatea
48) Bigarren olatuak
49) Sexu-kromosomak eta bizi-luzera
50) Gene-aholkulariak
51) Adituaren falazia
52) Bio zuk zeuk egin
53) Koronabirusen erretratua
54) Bizi(tz)a konplexua da
55) Etxabereak eta gu
56) Genometako guda-hotza
57) Kontserbazioa eta gene-aldaerak
58) Normaltasuna
59) Gaixotasunak eta sexua
60) Gene-dosia orekatzen
61) Gizakion adaptazio lokalak
62) Estigmak diren geneak
63) Zientzia-artikuluetan itota
64) Zientzian konfiantza
65) Gene-informazioaren balioa
66) Mikrobiomaren eragina immune-sisteman
67) Immune-sistema eraginkorrak SARS-CoV-2a antzematen
68) Zabor-posta zientzian
69) COVID-19ari buruz datuak partekatzen
70) Espezieen mugak
71) Genomaren zaindaria, gene-ediziorako oztopo
72) Gene-informazioa lagatzea
73) Birusak minbizien aurka
74) Egitasmo handien datuak erabiltzen
75) Gene biziak arrazakeriaren kontra
76) Sormena
77) Gene-lengoaia (I) – Hizkiak
78) Gene-lengoaia (II) – Patroiak ta egiturak
79) Gene-lengoaia (III) – Interpretazioa
80) Gene-lengoaia (IV) – Eboluzioa
81) Gene-lengoaia (eta V) – Etorkizuna
82) Omikak gaixotasun infekziosoak ikertzeko
83) Gene-arriskua erabiltzen
84) Geneen aktibitatea aurreikusten
85) Ezer ez da dirudiena
eta 86) Bizitza oso bat aurretik ikasten jarraitzeko
Lehenengo txandaren bukaera

Bigarren txandaren hasiera
87) Jakinpozaren alde, beti
88) Korodatuak
89) #Koropilulak
90) Dengea
91) Korodatuak (2)
92) #Koropilulak (2)
93) PCR
94) Korodatuak (3)
95) Genetikaren etorkizuna (1)
96) Koropilulak (3)
97) Gripearen zain
98) Genetikaren etorkizuna (2)
99) Koropilulak (4)
100) Pedagogia
101) Genetikaren etorkizuna (3)
102) Genetika telesailetan (5)
103) Genetikaren etorkizuna (4)
104) Hofstadteren legea
105) Genetikaren etorkizuna (5)
106) Kororen genomarekin olgetan