Genetika, genomika ta beste - Kafepintxo

Itxialdirako genetika (69): COVID-19ari buruz datuak partekatzen

COVID-19ak zientzietan eta zientziak egiteko moduan eragin handia izan du. Datuak arin eta modu fidagarrian partekatzearen beharrak, lehendik zeuden sareak egokitzea eta sendotzea ekarri du edo berriak sortzea. Horietako sare batzuen esperientzia hona ekarriko ditugu.

ELIXIR bizi-zientzien datuentzako Europako azpiegitura handi bat da. Azpiegitura horren 23 nodoek, ia 200 institutu biltzen dituzten nodoek, sarrera irekia eskaintzen dute datuei, lanabesei eta lan-fluxuei. COVID-19aren pandemiaren baitan, beren azpiegiturak moldatu dira hiru lehentasunekin: estatuetako COVID-19ari buruzko datuen plataformak konektatzea Europa mailako datu-espazio federatua sortzeko; datuen kudeaketa egokia sustatzea, datuok irekiak eta berrerabilgarriak izateko; eta zientzia erreproduzigarria eta kolaboratiboa sustatzeko lanabes irekiak, lan-fluxuak eta konputazio-baliabideak eskaintzea. ELIXIReko nodoek laguntza eskaini diete bertoko eta nazioarteko ikerketei, gaitasun konputazionalak utzita edo birusen sekuentziak lortzen laguntzen. Helburu horien arabera eskura zituzten baliabideak moldatu dituzte.

BBMRI-ERIC Europako biobankuak biltzen dituen sarea da. Biobankuetan lagin biologikoak biltzen dira eta, askotan, osasun-sistemetan txertatuak daude. Hortaz, praktika kliniko arruntetik lortutako material baliagarria gorde daiteke edo jada bertan egotea erabilgarriak izan daitezkeen materialak. Hori dela eta, COVID-19aren harira, sare horrek hainbat egokitzapen egin ditu biobanku ezberdinek COVID-19ari buruz dituzten datuak zeintzuk diren jakiteko: beren katalogoan jarri ze informazio baliagarria dagoen eta horiek eskuratzea erraztea; datuak eta material biologikoa nola jaso ezartzea, horiek erabilgarriak izateko, inteligentzia artifizialak prozesa ditzan, eta COVID-19 Ostalarien Genetika Ekimenean parte hartuta; material horrekin lan egiteagatik egon daitezkeen balizko arriskuak mugatzea; eta Europar mailako plataforma bat eskaintzea aztertzeko datuen eta material biologikoen bilketak sor ditzakeen arazo etiko, legal eta gizartekoak.

Aipatutako COVID-19 Ostalarien Genetika Ekimenari dagokiola, hiru helburu nagusi ditu: ostalariaren genetikak COVID-19aren garapenean duen eragina aztertzeko baliabideak partekatzea, adibidez galdetegiak eta protokoloak partekatuta; COVID-19ren aurrean sentikortasunean eta larritasunean eragina izan dezaketen gene-aldaeren azterketak antolatzea; horien emaitzak partekatzeko plataforma eskaini. Hori guztia egingo dute modu inklusibo, deszentralizatu eta gardenean.

Aipatutako ekimenez gain badaude beste batzuk. Hauek adibide bat besterik ez dira ikusteko nola zientzien komunitatea erronka berri baten aurrean moldatu den. Egitasmo hauetatik atera daitekeena hurrengo hilabetetan jakingo dugu eta ikusiko dugu egindako egokitzapenak egokiak eta nahikoak diren, ala iniziatiba berriak hartu beharko diren.

Itxialdirako genetika sorta
1) Birusak
2) Immunitate-sistema
3) Antigorputzak
4) SARS-CoV-2aren jatorria
5) Termozikladorea
6) Gene-marketina
7) Zoroa eta patxadaz, mesedez 
8) ACE2 hartzailea
9) SARS-CoV-2aren geneak
10) 150 gene-testu
11) Etxeko gene-lanak
12) RNA
13) Endorfinen genetika
14) SARS-CoV-2aren jatorria (II)
15) Birusei aurre egiten
16) Tuskegee deitutako amesgaiztoa
17) Urtaroko gripearen genetika
18) Eugenesia eta Darwinismo soziala 2.0
19) Laborategietako langileei, eskerrak
20) Ez da guda bat, auzolana da
21) COVID-19ari gene-sentikortasuna
22) Gripe-pandemien genetika
23) Genetika zientzia-fikzioko filmetan
24) Beldurraren genetika
25) Parte-hartzearen garrantzia
26) Erratuta nengoen eta erratuko naiz
27) (gene-)datuen gobernantza
28) Genomak berdefinitzen
29) Minbizien gene-bilduma erraldoia
30) Gaixotasunak sailkatzen
31) Pangolinak
32) Saguzarrak
33) Zitokinen ekaitza
34) Gainontzeko epidemiak (I) – GIB
35) Gainontzeko epidemiak (II) – Ebola
36) Gainontzeko epidemiak (III) – Kolera
37) Gainontzeko epidemiak (IV) – Herpesbirusak eta H. pylori
38) Gainontzeko epidemiak (V) – Patogenoak ez direnak
39) Gainontzeko epidemiak (VI) – Etortzear dauden epidemiak aurreikusten
40) Bizi-urteak kentzen dituzten mutazioak 
41) Birus erraldoiak
42) Jirafen lepoa
43) Hesteak minberak direnean
44) Eboluzioa bueltan da
45) Zama diren onurak
46) COVID-19a eta tripak
47) Gene-dibertsitatea
48) Bigarren olatuak
49) Sexu-kromosomak eta bizi-luzera
50) Gene-aholkulariak
51) Adituaren falazia
52) Bio zuk zeuk egin
53) Koronabirusen erretratua
54) Bizi(tz)a konplexua da
55) Etxabereak eta gu
56) Genometako guda-hotza
57) Kontserbazioa eta gene-aldaerak
58) Normaltasuna
59) Gaixotasunak eta sexua
60) Gene-dosia orekatzen
61) Gizakion adaptazio lokalak
62) Estigmak diren geneak
63) Zientzia-artikuluetan itota
64) Zientzian konfiantza
65) Gene-informazioaren balioa
66) Mikrobiomaren eragina immune-sisteman
67) Immune-sistema eraginkorrak SARS-CoV-2a antzematen
68) Zabor-posta zientzian