Genetika, genomika ta beste - Kafepintxo

Itxialdirako genetika (84): Geneen aktibitatea aurreikusten

Gene-lengoaia azaltzerakoan, eta aurretik beste hainbatetan, aipatu izan dut DNAn nolabait idatzita egon behar duela bere burua erregulatzeko moduak, hau da, bere aktibitatea noiz eta nolakoa izan behar duen zehaztuta egon behar duela. Ikerketa berri bat hori egiteko gai izan da.

Geneen adierazpena, hau da, geneen aktibitatea, ondo koipeztutako makinaria baten ondorio da. Makinaria horri erregulazio-sistema esaten diogu eta, beste indar batzuen artean daude DNAtik zenbat RNA mezulari kopia egiten diren eta RNA mezulari horien endekapena. Ikerketa hori gai izan da DNA sekuentzian idatzita dauden patroiak erabilita geneen adierazpena aurresateko. Dena ikasketa automatikoa erabilita.

Ikasketa automatikoa egiteko neurona-sare artifizialak erabili zituzten (nola funtzionatzen duten ulertzeko, niri ez begiratu, ikusi Teknopoliseko bideo hau). Prozedura hori erabilita, eredu bat sortzeko gai izan ziren, non RNA mezulariaren biziraupena baldintzatzen dituzten hainbat ezaugarri eta patroi aztertu zituzten. Horrela RNA mezulari kantitatea aurresateko eredurik optimoena lortu zuten, ehun mila parametrotik gora kontuan hartzen zituen eredua hain zuzen ere.

Eredu hori sortzeko eta gero probatzeko 18.000 giza-gene inguru eta ia 22.000 sagu-gene erabili zituzten. Horrela ikusi zuten saguetan ereduaren errendimendua hobea zela gizakietan baino; eta espezie batean sortutako eredua beste espeziean aplikatzerakoan antzeko errendimendua zutela. Hau da, bi espezieen gene-erregulazioak antzeko oinarriak dituela eta, hortaz, pentsa daiteke ugaztunetara orokortu daitezkeen oinarriak direla. Hori aztertzeke dago.

Bestalde, zelula-mota jakinetan parametro horiek erabilita ereduak sortu ziren. Ikusi zuten bazaudela geneak zeintzuen aktibitate maila ez zirela guztiz aurresaten. Gene horiek komunean izan zuten ereduan kontuan hartzen ez ziren ezaugarrien menpekoak zirela eta, hortaz, bestelako erregulazio-indarrak aztertzeko baliagarriak izan daitezkela.

Edonola ere, lanaren egileek zera diote, sekuentzian idatzita dauten patroi batzuk, promotore-sekuentzia bezala ezagutzen direnak, geneen aktibitatearen aldakortasunaren ia %50a azaltzen dutela. Sekuentzia horietan promotore deitutako gene-osagaiak lotzen dira geneen aktibitatea sustatzeko edo murrizteko.

Argi dago inteligentzia artifizialean garapenarekin batera genetikak onura asko jaso ditzakeela, lanabes oso baligarria baita DNAn idatzita dagoena ulertzeko. Eta etorkizunean, parametro gehiago barneratzen dituzten eredu konplexuagoak sortu ahalko direla. IXA taldeko lagunekin hitz egin behar dut.

Itxialdirako genetika sorta
1) Birusak
2) Immunitate-sistema
3) Antigorputzak
4) SARS-CoV-2aren jatorria
5) Termozikladorea
6) Gene-marketina
7) Zoroa eta patxadaz, mesedez 
8) ACE2 hartzailea
9) SARS-CoV-2aren geneak
10) 150 gene-testu
11) Etxeko gene-lanak
12) RNA
13) Endorfinen genetika
14) SARS-CoV-2aren jatorria (II)
15) Birusei aurre egiten
16) Tuskegee deitutako amesgaiztoa
17) Urtaroko gripearen genetika
18) Eugenesia eta Darwinismo soziala 2.0
19) Laborategietako langileei, eskerrak
20) Ez da guda bat, auzolana da
21) COVID-19ari gene-sentikortasuna
22) Gripe-pandemien genetika
23) Genetika zientzia-fikzioko filmetan
24) Beldurraren genetika
25) Parte-hartzearen garrantzia
26) Erratuta nengoen eta erratuko naiz
27) (gene-)datuen gobernantza
28) Genomak berdefinitzen
29) Minbizien gene-bilduma erraldoia
30) Gaixotasunak sailkatzen
31) Pangolinak
32) Saguzarrak
33) Zitokinen ekaitza
34) Gainontzeko epidemiak (I) – GIB
35) Gainontzeko epidemiak (II) – Ebola
36) Gainontzeko epidemiak (III) – Kolera
37) Gainontzeko epidemiak (IV) – Herpesbirusak eta H. pylori
38) Gainontzeko epidemiak (V) – Patogenoak ez direnak
39) Gainontzeko epidemiak (VI) – Etortzear dauden epidemiak aurreikusten
40) Bizi-urteak kentzen dituzten mutazioak 
41) Birus erraldoiak
42) Jirafen lepoa
43) Hesteak minberak direnean
44) Eboluzioa bueltan da
45) Zama diren onurak
46) COVID-19a eta tripak
47) Gene-dibertsitatea
48) Bigarren olatuak
49) Sexu-kromosomak eta bizi-luzera
50) Gene-aholkulariak
51) Adituaren falazia
52) Bio zuk zeuk egin
53) Koronabirusen erretratua
54) Bizi(tz)a konplexua da
55) Etxabereak eta gu
56) Genometako guda-hotza
57) Kontserbazioa eta gene-aldaerak
58) Normaltasuna
59) Gaixotasunak eta sexua
60) Gene-dosia orekatzen
61) Gizakion adaptazio lokalak
62) Estigmak diren geneak
63) Zientzia-artikuluetan itota
64) Zientzian konfiantza
65) Gene-informazioaren balioa
66) Mikrobiomaren eragina immune-sisteman
67) Immune-sistema eraginkorrak SARS-CoV-2a antzematen
68) Zabor-posta zientzian
69) COVID-19ari buruz datuak partekatzen
70) Espezieen mugak
71) Genomaren zaindaria, gene-ediziorako oztopo
72) Gene-informazioa lagatzea
73) Birusak minbizien aurka
74) Egitasmo handien datuak erabiltzen
75) Gene biziak arrazakeriaren kontra
76) Sormena
77) Gene-lengoaia (I) – Hizkiak
78) Gene-lengoaia (II) – Patroiak ta egiturak
79) Gene-lengoaia (III) – Interpretazioa
80) Gene-lengoaia (IV) – Eboluzioa
81) Gene-lengoaia (eta V) – Etorkizuna
82) Omikak gaixotasun infekziosoak ikertzeko
83) Gene-arriskua erabiltzen